قررت محكمة جنح استئناف الإسماعيلية، إحالة أوراق قضية الهروب من سجن وادي النطرون، الذي كان بداخله الرئيس محمد مرسي و33 من قيادات جماعة "الإخوان المسلمين"، إلى النيابة العامة للتحقيق فيها، وطلبت من النيابة العامة إبلاغ الشرطة الدولية "الإنتربول" بضرورة القبض على القيادي في "حزب الله" سامي شهاب، وأيمن نوفل ومحمد عبدالهادي  من حركة "حماس"، إضافة إلى قائد تنظيم "القاعدة" في سيناء رمزي موافي، وكذلك التحقيق مع أعضاء "الإخوان" الذين كانوا في السجن وأعضاء الجماعات الجهادية، فيما أكد قانونيون مصريون، أن الحكم واجب النفاذ، وينبغي التحقيق مع الرئيس محمد مرسي من قِبل النيابة العامة، في واقعة هروبه خلال ثورة 25 كانون الثاني/يناير بمساعدة أجانب. وقررت المحكمة برئاسة المستشار خالد محجوب، وعضوية المستشارين وليد سراج الدين وخالد غزي، بحضور رئيس النيابة الكلية هيثم فاروق، براءة المتهم الوحيد في القضية من تهمة الهروب وقبول الاستئناف المقدم منه شكلاً. وذكرت المحكمة أسماء عدد من الهاربين من التنظيم "الإخواني"، منهم محمد مرسي العياط، وسعد الكتاتني، وسعد الحسيني، وصبحي صالح، وحمدي حسن، ومحمود أبو زيد، وأحمد عبدالرحمن، وحسن أبوشعيشع، فيما أكد رئيس المحكمة، أن تنظيم "الإخوان المسلمين" بالتعاون مع أعضاء من حركة "حماس" و"حزب الله"، هم من قاموا باقتحام سجن وادي النطرون. وقال رئيس المحكمة المستشار خالد محجوب، إن عناصر من حركة المقاومة الإسلامية "حماس" و"حزب الله" اللبناني وأعضاء من جماعة "الإخوان المسلمين"، شاركوا باستخدام أسلحة ثقيلة، في إطلاق سراح العشرات من سجن وادي النطرون، من بينهم الرئيس محمد مرسي، وأنه من خلال شهادة الشهود ومشاهدة الأسطوانات المدمجة، فإن التشكيلات الجهادية استغلت حالة التدهور الأمني في البلاد وقامت بمهاجمة سجون (المرج وأبو زعبل ووادي النطرون)، وتهريب السجناء الفلسطينيين، ومن تنظيمات "الجهاد" و"الإخوان". وأضاف رئيس المحكمة، أن النيابة العامة لم تتخذ أي إجراءات بشأن وقائع اقتحام السجون المصرية، على الرغم من مرور عامين ونصف العام على وقوعها، وأنه في 28 كانون الثاني/يناير 2011 وعقب انسحاب الشرطة وحدوث حالة الانفلات الأمني، تم نقل المعتقلين من أعضاء جماعة "الإخوان المسلمين"، ومن بينهم الرئيس محمد مرسي، إلى سجن (2) وادي النطرون، وأن مشادة وقعت بين المعتقل حمدي حسن وهو احد أعضاء جماعة "الإخوان" وبين أحد ضباط أمن الدولة، وأن المعتقل أبلغه أن الشرطة انهارت، وأنهم يشكلون حكومة من داخل المعتقل، وكشفت التحقيقات عن أن اثنين من أعضاء "حماس" في الخارج قد شاركا بالتعاون مع بدو سيناء و"حزب الله" في اقتحام السجون وتهريب هذه العناصر، التي "اعتادت على سيادة الأراضي المصرية". وقام نشطاء من الإسماعيلية، عقب صدور قرار المحكمة، بترديد هتافات ضد مرشد جماعة "الإخوان المسلمين" والرئيس محمد مرسي، ومنها "يسقط يسقط حكم المرشد"، فيما عززت قوات الأمن من تواجدها في محيط مجمع محاكم الإسماعيلية، حيث دفعت بنحو 10 تشكيلات للأمن المركزي، لضمان عدم تجدد الاشتباكات بين مؤيدي مرسي ونشطاء الإسماعيلية، والتي أسفرت السبت عن وقوع 12 جريحًا.  قال رئيس النيابة العامة هيثم فاروق، في مرافعته أمام المحكمة، السبت، إن وقائع تلك الدعوى وما حملته ألسنة الشهود، أنه خلال "ثورة يناير" قامت مجموعات غفيرة حاملة أسلحة متنوعة على سيارات قاصدين منطقة سجون وادي النطرون في جنح الظلام، وأمطروها والقائمين على حراستها بوابل من الرصاص، لم تُجدِ معه مقاومة المتواجدين لتأمينه، لتباين الأعداد ونوعية التسليح مستخدمين آلات أعدوها سلفًا ودكوا بها أسوار السجون وعنابرها، مستهدفين أشخاصًا بعينهم لإخراجهم من داخلها، ثم أتبع ذلك تمكين عدد من السجناء من الخروج لخطة وضعت مسبقًا ولم يكشف عنها إلا من خلال تلك المحاكمة، وإن شهادة وزير الداخلية الأسبق اللواء محمود وجدي تكمل راوية المخطط الذي حاك بتلك البلاد، من توافر للمعلومات ورصد اتصالات لدى الجهات الأمنية تمت بين عناصر تنتمي لحركة "حماس" و"حزب الله"، وبين بعض الجماعات الداخلية، بعضها تسلل إلى البلاد عبر الأنفاق. وكشف رئيس النيابة عن أن تلك المعلومات التي توافرت تنفي تواطؤ أو مؤامرة تنسب إلى رجال الشرطة، وأنهم مارسوا عملهم قدر المستطاع، ويؤكد ذلك شهادة مأمور سجن وادي النطرون بأنه اضطر إلى ارتداء ملابس السجناء بعد نفاذ الذخيرة، حتى يتمكن من النجاة، مما يؤكد عدم قدرة النظام القائم حينها على صدّ هذا الهجوم. وعلّق الكاتب الصحافي مصطفى بكري على مرافعة مثل النيابة أمام محكمة الإسماعيلية بعد قرار استدعاء أعضاء جماعة "الإخوان المسلمون" المتهمين بالهروب من السجن، قائلاً، "مرافعة ممثل النيابة العامة هيثم فاروق أمام محكمة جنح الإسماعيلية التي تنظر قضية هروب المسجونين من سجن وادي النطرون، هي وسام شرف على صدر القضاء المصري العادل والنزيه، وهي أيضًا اتهام مباشر لجماعة (الإخوان) وقيادتها بالتآمر على مصر وأمنها، والسعي إلى نشر الفوضى على أراضيها من أجل الوصول إلى السلطة, فقال ممثل النيابة, إن مؤامرة أُحيكت ضد هذا الوطن من جماعة (الإخوان) وامتداداتها في الخارج، لهدف الانقضاض على مصر, وإنه ثبت في يقين المحكمة نفي أي تواطؤ أو مؤامرة تنسب إلى رجال الشرطة في إطلاق سراح المسجونين".  وتساءل عضو مجلس الشعب السابق، عبر تدوينة له على موقع التواصل الاجتماعي "تويتر"، "لمصلحة من يُهان القائمون على حماية البلد وتوفير الأمن على يد أناس وفئات ضل سعيهم في الحياة الدنيا, إن الشعب يجب أن يعلم ما حاك به من مكائد على يد من يدّعون أنهم أبناء هذا الوطن وهم عملاء لخارجه, واستشهد ممثل النيابة بأقوال الرائد محمد عبدالحميد نجم الذي قرر أنه خلال استقباله ٣٤ من قيادات (الإخوان) في السجن دار بينه حوار وبين (الإخواني) حمدي حسن، الذي أكد له أنهم سيخرجون اليوم أو غدًا، وأنهم هنا لتشكيل الحكومة الجديدة وتولي سلطة البلاد والقضاء على جهاز الشرطة، هل رأيتم المؤامرة يا مصريين، وهل عرفتم أن (الإخوان) استغلوا الثورة لإسقاط الشرطة والتآمر على مصر من أجل الاستيلاء على مصر, عندما يقول ممثل النيابة من أجل ذلك قتلوا وسفكوا الدماء، وأنه حرام على هذا الوطن بعد اليوم أن يطعمهم من ثماره أو ترويهم قطرات مائه أو يحملهم ترابه، هؤلاء الذين يدعون الإسلام والعلم بأحكامه تناسوا قول الرسول (صلى الله عليه وسلم)، (لست أخاف على أمتي غوغاء تقتلهم، ولا عدو يجتاحهم، ولكني أخاف على أمتي أئمة مضللين، إن أطاعوهم فتنوهم، وإن عصوهم قتلوهم)، صدق رسول الله، وطالب ممثل النيابة بإحالة محمد مرسي وعصام العريان وسعد الكتاتني وسعد الحسيني وحمدي حسن وآخرين إلى النيابة العامة، لمسؤوليتهم عن إشاعة الفوضى، وأن كل ما ذكره ممثل النيابة يجعلنا أمام إجابات واضحة لأسئلة بلا إجابات، ثأر مصر في رقبة مرسي و(الإخوان)، قتلوا أبناءنا وأشاعوا الفوضى في بلدنا بالتعاون مع أذنابهم في الخارج من أجل الكرسي والسلطة، لكن مصر لن تصمت وتعرف كيف تثأر لنفسها من كل من خانها وأهدر أمنها وأشاع الفوضى وهدد كيانها". فيما قال القيادي المنشق عن جماعة "الإخوان المسلمين" محمد حبيب، في تغريدة له عبر "تويتر"، الأحد، "إن ابن تيمية رحمه الله قال (إن الدولة العادلة تبقى وإن كانت كافرة، وإن الدولة الظالمة تفنى وإن كانت مسلمة"، في إشارة إلى الظلم الذي يُمارس على الشعب الآن من حكم "الإخوان" مضيفًا "أسعد الله صباحكم أيها الطيبون". واعتبر عضو اللجنة القانونية لحزب "الحرية والعدالة"، الذراع السياسية لجماعة "الإخوان المسلمين" ناصر الحافي، الأحد، أن "الحديث عن تسهيل أعضاء من (الإخوان) لبعض المساجين الهروب من سجن وادي النظرون، عار تمامًا من الصحة، وأنه على الرغم من كون القرار راجعًا إلى المحكمة، وقائمًا على رأيها، إلا أنه حكم مرسل"، مضيفًا أن "الأمر قانوني، ولا يجوز اتهام أعضاء من الجماعة من دون وجود سند قانوني، مع ضرورة ذكر أسماء الذين ساعدوا في تهريب البلطجية، وأن تُحيل المحكمة القضية بالأسماء بعد ذلك إلى النيابة لتبدأ في مباشرة عملها". وقال أستاذ القانون في جامعة القاهرة أحمد رفعت، لـ"العرب اليوم"، "إن حكم مستأنف الإسماعيلية في قضية وادي النطرون، أثبت وجود جريمة لها أدلة جديدة، ومن حق النيابة بدء التحقيقات مع الأشخاص المتهمين في القضية، وهم 34 قيادة (إخوانية) بينهم الرئيس محمد مرسي، وأنه ينبغي على النيابة التعامل مع القضية بطريقة قانونية من دون النظر للرئيس مرسي وصفته الحالية، والتحقيق في ما نُسب إليه من الاستعانة بأجانب للهروب من سجن وادي النطرون". ورأى أستاذ القانون في جامعة عين شمس محمد حسين، أن "محكمة الجنح ليس لها سلطات محكمة الجنايات مثلما تنص المادة 11 من قانون الإجراءات القانونية، حيث أن محكمة الجنايات إذا ثبت لها أدلة غير التي قدمتها النيابة، فيجب أن تحقق فيها، وليس للمحكمة أن تفصل في الجرائم، فلا يجوز لها أن تكون سلطة اتهام"، مضيفًا أن الحكم نهائي واجب النفاذ فورًا، وأن النيابة العامة أصبحت مكلفة من المحكمة بإجراء تحقيقات عاجلة في القضية، مع المتهمين الذين ذكرت أسماؤهم في حيثيات الحكم، وأن قانون الإجراءات الجنائية ينص على أنه إذا تبين للمحكمة أثناء نظر الدعوى الجنائية والحكم فيها، أن هناك متهمين يجب تحريك الدعوى الجنائية ضدهم، فإنه في هذه الحالة لا تستطيع المحكمة من تلقاء نفسها أن تقوم بمحاكمة هؤلاء، ولكن يلزمها القانون في هذه الحالة أن تُحيل الأمر إلى النيابة العامة، لاتخاذ شؤونها نحو الوقائع التي اعتبرتها المحكمة جنائية، وكذلك المتهمين الذين طلبت المحكمة تحريك الدعوى الجنائية ضدهم. وأكد الناشط الحقوقي جمال عيد، تعليقًا على حكم محكمة الإسماعيلية، أن الحكم ليس إدانة جازمة بل يتطلب تحقيقًا، وهو ما يتطلب رحيل النائب العام، وتعيين نائب جديد يبدأ تحقيقًا فوريًا"، مضيفًا في تغريدة عبر حسابه الشخصي على "تويتر"، أن "سيادة القانون وحياديته يساوي رحيل النائب العام، وللنائب الجديد أن يبدأ التحقيق، وخلاله يمكن حبس أو إخلاء بكفالة أو من دون كفالة، إلى حين صدور حكم فيها، وأن الحكم يعني أن مرسي لم يكن متهمًا بالتجسس، بل كان معتقلاً وهرب بمساعدة أجنبية، وهو ما يعني أنه متهم في قضية الاستعانة بأجانب قد يُدان وقد يُبرأ، لكنه متهم"، مشيرًا إلى أنه من الناحية القانونية، حتى لو كنت معتقلاً أو سجينًا سياسيًا، فإن الهروب بمساعدة أجنبية، يُعد جريمة". وتنظر المحكمة القضية بشأن اتهام عدد من السجناء بالهروب من السجن، وهم الذين أحالتهم النيابة، وعددهم 234 سجينًا، إلى المحاكمة لتهمة الهروب من السجن، وتم ضبطهم في الإسماعيلية، وتبين للمحكمة من التحقيقات أن المتهمين كانوا محبوسين في ليمان 430 في منطقة سجون وادي النطرون، وخلال الثورة تم اقتحام السجن من قبل ملثمين كانوا يتحدثون لهجة أعرابية، واستخدموا "لوادر" لهدم السجون وفتح الزنازين، وهددوا السجناء بأسلحة نارية لإجبارهم على الهروب، وأطلقوا النيران على قوة الحراسة، والسجناء الذين لقى بعضهم مصرعه، فقررت المحكمة فتح تحقيق بشأن الأحداث.